ホットスワップができるかどうかはOSのサポート次第となります。とりあえずWindows9xはだめで、Windows2000では大丈夫のようです。スラリンさんから教えていただいたのですが、PC-9821でもHotSwap!が動作するそうですので、便利そうです。Aimさんから教えていただいたのですが、98フォーマットだと一定の割合で容量を間違えて取得するそうです（多分CHSパラメータを誤認識している）。BIOSで認識していないドライブを使うので、USB2.0やIEEE1394での外付けと同様に拙作NEWHDをかました上でPC/ATフォーマットにしておくべきだと思います。そうすればいろいろなマシンで、異なるインターフェイスで使いまわせてウマーなんではないでしょうか。
当初はSATAは外付け規格はなかったのですが、市場では外付け用の品が色々出て、ユーザー主導で外付けがなされました。これは細くてノイズ対策の十分な長いケーブルを用いたため必然とも思えました。しかし、eSATAとして規格化されるにあたり、わざわざeSATAコネクタという別の形状のコネクタが採用されました（怒）。全部L型のコネクタで十分なんではないかと。とはいえ、もう世の中がそっちで動いてしまっているので、うちでは片方がeSATA、もう片方が内蔵用のSATAコネクタなケーブルを用意して、ATAおよびATAPI機器外付けに関してはしのいでいます。
パラレルATAなドライブをSATAドライブに変換するドングルです。特にATAPI機器は結構相性問題が出やすいです。SiI3112とは拙作BIOSとソフトウェア的に？、SiI3124はハードウェア的に相性問題がきついような印象です。SiI3114非公式BIOSではそれほど相性問題はきつくないようです。ドングルは各社から色々出ていますが、チップのお勧めはSiI3611あるいはSPIF3811で、お勧めの品はSiI3611を搭載しているArea(SYBA)のSA2IDEです。機械的によくできています。JM20330なアダプタは安いので動けばおいしいんですが、SiI3124とは相性が悪い印象を受けます。IBM DTLAやDPTAなんかだとデバイス名がかろうじて取れる程度のようです。でもSW9585(松下寿)とは相性は悪くない（SiI3124でまともに動く）印象を受けます。2006年に入ってからか、SerialATA-DAT（玄人志向）ではSunplus SPIF3811が用いられております。マイナーチェンジっていうんでしょうか。ちょっと調べてみたところ、SiI3611の改良版がSiI3811で、そのセカンドソース品という感じなんですかね。こちらは基板剥き出しで、機械的には他の製品に劣るものの、ATAPI機器の相性問題がSiI3611に比べかなり改善しているような印象を受けます（例えば、DW1650(BenQ)とか）。ですので、頻繁に取り外ししない機器に、コネクタを折ったりしないで取り扱える自信がある方にはこれもお勧めです。
SATA IIで導入された目玉規格の一つ、Port Multiplierですが、SiI3124以外のSiIのほかの石、すなわちSiI680、3112、2512、3114では動かないんじゃないでしょうか（実験していない）。Port multiplierは過去との互換性が良く考えられており、その一番若いポートに繋げば、あたかもそのチャンネルに直接ドライブが繋がれているように見えます。つまり、Port Multiplierを意識して作られていないα1.1でも、Port 0に接続されたHDDだけは起動ドライブに出来ると言うことです。α1.1ではPort Multiplierの残りのポートに接続されたHDDはWindowsが立ち上がってから認識されます。これはBIOSで認識されていないドライブの扱いとなるため、98フォーマットではなくPC/AT互換機フォーマットで無いと現状ではつかえません。あしからず。Port Multiplier対応のα1.2は鋭意作成中です。SW-9585(松下寿)をSiI3611やJM20330で変換してSiI3726なPort Multiplierにつないだんですが、α1.1ではWindowsのSiI3124のドライバを読み込んだところで落ちます。開発中のα1.2でもCD-ROMドライブに触ると割り込みが入ってこなくなり、PM以下のデバイスがまったくアクセスできなくなります。ということで、おそらくハードウェア的な相性問題のために現在はPort Multiplier配下のドライブはHDDしか動かせておりません。SiIのサイトにはHDDだけがつながっている図が出ていますので、本当にHDDのみ対応なのかもしれません。SATA-IDE変換チップ次第で解決する可能性も考えられるため、ARC-7900Aとかで調べてみたいと思っております。
PM5P-SATA2についてですが、初期のものは手元では壊れました。熱によるものである可能性があります。初期のものを除いてはSiI3726にギ蟹についているのと同程度の大きさのヒートシンクがついています。したがって、ヒートシンクのついていない初期の製品を買った場合、ヒートシンクを貼るべきです。
これは拙作BIOSとは全く関係ありませんが、玄人志向のSATAE2-CBがNr166/S20で動作しています。カードバスなので、ドライブのホットスワップの代わりにこちらで活線挿抜が可能で、結構便利です。